por ahora no conosco otro soft para pcb, se que hay, pero podrias probar en la configuracion del pcb wizaed, yo hace mucho que no lo uso, pero una vez hice la placa de un circuito para desbloquear celulares y tenia el mismo problema, me mesclaba mucho los componentes, pero configurando el tamaño de la placa y la disposision de los elemento logre acomodarlo, igualmente te deja que acomodes vos los elementos, es cuestion de probar.