Depende del uso que le vayas a dar:
si es para una red chica con pocos metros de distancia, no hay mucha diferencia, si tu idea es conectarte a largas distancias, con lo cual deberias conectar un antena externa a tu placa o dispositivo USB ahi es donde tenes que especular con que te conviene comprar, con la PCI es mas gasto de $ por el tema de cable de baja perdida y la instalacion es relativamente facil, a menos que tangas que usar un dispositivo PoE, en cambio con el USB podes "abrir" el pen drive, extender con cable USB y subirlo al techo sobre una placa de papel de aluminio (tetra brick) y listo, de todas maneras si nos decis que tipo de conexion tenes en mente, te puedo dar una mano con todo gusto. saludos