El JAR es el programa o juego en si, el JAD es como un documento que tiene los datos de ese programa. Yo tengo un Motorola V360 y solo subo los .JAR para instalar los programas Java. Podes obviar los Jad sin problema.
Los podes olvidar depende el programa que utilices para cargar los juegos al celular. Por ejemplo el midway necesita de los jad para poder cargar los jar.
EL jad es un simple texto con info del juego. Si tenes solamente los jar y necesitas el jad los podes crear con el programa jadgen.