Si estás dedicido a formatear, y no tenés nada que perder de ese disco lo ideal es usar "Fdisk"..., que está en el disco de arranque del 98, eliminás las particiones "Las que haya"...
y también probar Formateando el MBR, digo por las dudas te falle lo otro... tecleando esde A: teclea 'fdisk /mbr'
Después podés usar el Fdisk para crear las nuevas particiones...
Espero te sirva de algo...
Saludos...