Mira, en google hay un monton de guias para pasar de fat32 a ntfs.
Podes pasar lo mas bien de fat32 a ntfs pero no podes pasar de ntfs a fat32.
Ntfs es mas seguro que fat32 por la manera en que maneja el sistema de archivos, ademas no tiene todos los errores que tiene fat32 y en la velocidad no se nota.
Y cuando lo pasas no perdes ningun archivo ni nada, pero siempre es recomendable hacer un backup de tus datos mas importantes, de ultima con el partition magic agranda la de xp y mete todo ahi, deja algunos gb en al otra y hace el paso a ntfs en la que te queda vacia (por las dudas).
Una vez que te salio bien hace lo mismo, agranda la nueva en ntfs y pasa todos los archivos para hacer la conversion en ntfs a esta tambien