Si agregaste otra asegurate que una este como master y la otra como esclava si comparten el IDE y si sigue sin reconocerla cambia el orden del cable la que estaba en el extremo ponelo en el medio y visceversa. Si hiciste un cambio de una por otra revisa el tema de los jumpers a ver si te la toma.
Si no proba actualizando los drivers del mother a mi una vez me paso lo mismo con un HD no se si sera lo mismo pero con probar no perdes nada, fijate en el setup de la bios que este todo bien que este la lectora y si el problema esta en win proba buscando algun driver para tu lectora y de ultima algun Firmware, pero ojo que le firmware tenes que estar seguro de instalar el del modelo correcto si no CAPUT!! Y si no ya no se.... Espero que haber ayudado.
Saludos y conta como te fue