Fijate si al convertirlo en ese programa (no lo conozco) no tiene la opcion de ponerle una calidad especifica, por ejemplo si tenes un cel que soporta videos menores a 240X320 fijate que sea menor a eso. Si los ves con baja calidad es tal vez porque los estes pasando y no elegis calidad.
Igual no estoy del todo seguro, pero creo que de por si en 3gp baja la calidad.
Saludos.