Yo uso Mldonkey y soporta sin problemas archivos de mas de 4 GB..
www.mldonkey.org
es un poco mas complicado pero tiene muchisimas potencialidades y quizas esta orientado a otro tipo de uso...
Segun lo que leo en la pagina de amule, si soporta archivos de mas de 4 GB desde la version 2.2.0
# Protocol Obfuscation (enabled by default)
# Large file support (>4GB)
# Disabled auto-update of servers from clients and other servers by default.
# Fixed a bug while getting sources for large files (>4GB)
# Fixed mldonkey_importer to work with mldonkey >= 2.7.6
# Improve exception handling
http://www.amule.org/wiki/index.php/Changelog_2.2.0
Revisa bien que version tenes y si tenes una menor bajate la ultima..