Es simple, si usas Windows XP Fat32 no tiene ninguna ventaja sobre NTFS, son todas desventajas. Para lo único que sirve Fat32 es para correr Windows 98. Y no tiene absolutamente nada que ver si llevas archivos en un Pendrive, el pen tiene su propio sistema de archivos.
Algunas -son más- ventajas de NTFS son las siguientes:
* Soporta permisos en archivos y carpetas
* Soporta compresión "transparente" de archivos y carpetas
* Soporta encriptación "transparente" de archivos y carpetas
* Soporta ficheros de más de 4 Gb
* Menor tamaño de cluster (usa 4 Kb incluso en discos de 80 Gb, FAT32 usa 32 Kb por encima de los 32 Gb). Por cada archivo se pierde medio cluster, así que en un disco grande con 10000 archivos, por ejemplo, serían 20 Mb contra 160 desperdiciados.
* Índice de archivos en forma de árbol binario (esto hace el acceso y la búsqueda de archivos más rápida)
* Log de Transacciones. Cuando se modifica un archivo, los cambios a hacer se ponen en una lista y se van marcando según se completan. Esto hace que si el proceso se interrumpe (por ejemplo se va la luz), la operación se pueda completar luego, o deshacerla, así los archivos no quedan mal en estos casos.
Los inconvenientes son:
* Por supuesto, sólo se puede acceder a NTFS desde Windows NT / 2000 / XP