El X86 tiene una estructura de 32 bits, es igual que todos los windows anteriores y funciona con cualquier micro que cumpla los requisitos minimos.
El x64 tiene una estructura de 64bits, solo funciona con Procesadores de 64 bits (Athlon 64 en adelante y Pentium 4 de 64 bits en adelante)
La diferencia primordial es que el de 32bits solo reconoce hasta 3.25-3.5 gb de ram, entonces si le pones a tu PC 4gb o mas de ram el SO de 32bits (XP, vista o cualquier linux) no los va a aprovechar en su totalidad.
El Vista de 64bits te reconoce todo la RAM que le pongas, aunque sean 4, 8 o 16gb.
Otra de las caracteristicas es que los programas que salgan en 64 bits solo van a funciona en un SO de 64bits y esos programas van a rendir mucho mejor que su version de 32 bist (el PhotoShop CS4 esta anunciado que va a salir en 64bits).
La contra del Vista x64 es que consume mas recursos que el X86...
Asi que te recomiendo, si tenes hasta 2 gb de ram bajate e instala el Vista x86, si tenes mas de 3gb de ram instala el x64.