En verdad la mayoria de las veces si el mother no te reconoce tamaños mayores a 10Gb no te preocupes porque el windows si te lo reconoce y lo vas a poder utilizar normalmente, con respecto al formateo, lo primero es hacer un fdisk para crear la particion, luego formatear, si lo haces desde el DOS (con cd de booteo) te lo formatea en FAT32 y para el windows 98 esta perfecto. una vez que lo haces arrancar e instalar el windows, te conviene con el particion magic crear dos o mas particiones para cuando tengas problemas con el windows puedas formatear la particion del sistema operativo y no perder informacion guardada en otras particiones.
Saludos. Suerte