Un poco depende del formato que tenga el video que bajaste, pero algunos programas que yo probé y que te puedo recomendar son:
TMPGEnc.
Mi preferido, pero para principiantes (si querés usar todas las funciones) un poco complicado.
CINEMA CRAFT Encoder
Mi segundo favorito, no es tan difícil como el TMPGEnc y da muy buenos resultados
EO Video
Facil de usar (al principio cuesta acostumbrarse a la interface) y convierte casi todos los formatos. La calidad final es buena.
WinMPG Video Convert.
Este entra en la categoría "un solo click solución", funciona bién pero no tenes opciones de configuración. Muy fácil de usar.
Estos son solamente los que yo uso (o usé) y sé que andan bien, pero si esperás un poquito seguro que recibís un montón más de sugerencias.
Saludos Moebius.